当前位置: 首页 > 新闻及公告 > 中心新闻

中心新闻

中国农科院农业基因组研究所阮珏博士来访

2019-12-16

1216日,阮珏博士莅临国家超级计算深圳中心,作了题为《Fast and accurate long-read assembly with wtdbg2》的学术报告。中心主任冯圣中研究员主持了本场报告。6天前,就职于中国农科院(深圳)农业基因组研究所的研究员阮珏在《自然·方法学》(Nature Methods)上发表第三代测序数据组装算法wtdbg2,引起广泛关注。

微信图片_20191216134111

阮珏博士介绍,Wtdbg算法的开发得益于一个新的组装图理论(Fuzzy Bruijn Graph,模糊布鲁因图)的提出。模糊布鲁因图借鉴了德布鲁因图(de Bruijn Graph)的思想,将测序数据切分为固定长度的短串,再从短串构建出的图上恢复出全基因组序列。

德布鲁因图以速度优势常用于第二代测序数据的组装分析,但因测序噪音极高的难题,从未成功应用在第三代测序数据。模糊布鲁因图则重新对短串进行定义,使之能够容忍高噪音数据,并随后对生成组装图和恢复基因组序列做了大量相应的重构,使其兼具高效率和高容错的优点。

据了解,该算法极大提高三代测序数据的分析效率,与201941日在《自然·生物技术》(Nature Biotechnology)上发表的Flye算法相比,分析速度提升了5倍,并首次将测序数据分析时间降低到少于测序数据产出时间。

这项研究始于2013年,由阮珏博士与美国哈佛医学院博士李恒合作完成。目前,这项成果已被国内多家基因测序分析公司作为主要组装分析工具。

阮珏博士于2009年在中国科学院北京基因组研究所获得博士学位,主要研究方向是生物信息序列比对和序列组装。他参与开发了MAQSAMToolsSOAPdenovoPseudo-sangerRainbowNovobreakSAMRTdenovoWTDBG等算法软件。学术论文发表在NatureNature MethodsNature GeneticsNature Communications等期刊,累计他引(WOS)超过14,000次。

国家超级计算深圳中心于2009年获国家科技部批准成立,是深圳建市以来投资规模最大的国家级重大科技创新基础设施,是深圳作为创新型城市的名片。中心坚持以技术为引领、以市场为导向、以品质为追求、以服务为根本,在科学计算、工程计算、生物医药、动漫渲染、海洋石油等领域支持国家科技创新,成果卓著。中心是世界上最早布局云计算、大数据、人工智能的超算中心之一,2009年建立之初,就迅速组建了深圳云计算中心,联合相关企事业单位,开展智慧城市等方面技术创新与服务。深圳公安云已经在为每一位市民保驾护航,深圳健康云正在努力削平医疗资源和服务的不均衡,深圳教育云将让中学生来揭示AI的奥秘。目前中心云计算、大数据和人工智能机构用户超过2万家,个人用户超过1200万人。